No final do século dezanove os estudos em medicina bacteriológica sofrem um grande desenvolvimento, tendo sido publicados numerosos atlas fotomicrográficos sobre bacteriologia, em parte devido ao aperfeiçoamento das técnicas histológicas e à associação à fotomicrografia de objectividade e fiabilidade.
Em Julho de 1899 a cidade do Porto é atingida pela 3a pandemia de peste. As primeiras fotomicrografias do bacilo da peste, tinham sido realizadas pelo bacteriologista Alexandre Yersin em 1894.
Para determinar a natureza da doença, foram realizadas análises bacteriológicas e preparações microscópicas do bacilo, sob a direcção de Ricardo Jorge, professor da Escola Médico-cirúrgica do Porto (EMCP), tendo sido incluídas fotomicrografias no relatório que enviou às autoridades portuguesas. Uma comissão internacional de médicos a que se juntaram os bacteriologistas Luís Câmara Pestana e Carlos França, entre outros, foi enviada ao Porto. Fotografias e fotomicrografias ilustram profusamente os trabalhos de Jaime Ferrán y Clúa do Laboratório Municipal de Microbiologia de Barcelona, um dos membros da Comissão, e a dissertação de Concurso apresentada à EMCP por António de Sousa Júnior sobre a epidemia do Porto, sendo esta ilustrada com cromofototipias de anatomia macroscópica e fotomicrografias em impressão fotomecânica, obtidas em colaboração com o atelier fotográfico de Emílio Biel. Em 1908 ocorre um surto de peste na ilha Terceira e em 1909 na ilha do Faial, tendo sido enviadas preparações microscópicas para o Laboratório Bacteriológico do Porto onde são fotografadas. Só no final de 1908 é enviada uma missão sanitária aos Açores chefiada por Sousa Júnior, pelo que a difícil tarefa do diagnóstico médico e possível tratamento dos doentes foi assegurada pelos médicos municipais das ilhas.
Nesta comunicação examina-se, no caso da epidemia da peste bubónica, o papel da fotografia como documento-objecto científico, obtido em laboratório, mas também como uma prova que valida uma determinada hipótese científica.